FEPEX se organiza en torno a tres órganos de decisión. La Asamblea General está formada por los presidentes de las Asociaciones y de los Comités Sectoriales y se convoca dos veces al año. En la Asamblea se encuentran representada toda la base social que integra la Federación.

La Comisión de Gobierno se reúne de forma periódica y tiene como finalidad el análisis y estudio de aquellos problemas que surgen de forma puntual y que afectan al desarrollo y evolución del sector. En estas Comisiones participan los representantes de las Asociaciones afectadas por los temas puntuales.

Los Comités Sectoriales por producto, estudian los temas concretos que afectan a cada cultivo y se adoptan las medidas necesarias para mejorar o defender la posición en el mercado.