FEPEX colabora con el Instituto de Investigaciones Agrarias (INIA) en los proyectos de investigación e innovación tecnológica relativos a los sectores representados en la Federación. Para ello se ha firmado un Convenio Marco de Colaboración, con el fin de potenciar la investigación en los sectores de frutas y hortalizas y flores y plantas vivas.

También participa en programas de las Comunidades Autónomas en las que se incluyen actividades de I+D de especial interés para sus respectivos ámbitos territoriales.

En la actualidad se está trabajando para iniciar líneas de investigación conjuntas con el Centro de Desarrollo Tecnológico Industrial, CEDETI, dependiente del ministerio de Ciencia y Tecnología.