FEPEX se organiza en torno a tres órganos de decisión. La Asamblea General, en la que Asamblea se encuentra representada toda la base social que integra la Federación.
La Comisión de Gobierno que está compuesta por los presidentes de las asociaciones miembros, los presidentes de los comités sectoriales y los presidentes de los comités temáticos.
Los Comités Sectoriales por producto o grupo de productos, estudian los temas concretos que afectan a cada cultivo y se adoptan las medidas necesarias para mejorar las condiciones de producción, comercialización o promoción de sus productos.
Los Comités Temáticos, como órganos consultivos de la Federación que tienen como misión específica el análisis de todos los problemas que puedan plantearse en su ámbito funcional, así como realizar propuestas a los órganos de Gobierno. Actualmente están constituidos en FEPEX los comités de Relaciones laborales, Calidad, y Promoción.